Notturno Giapponese è un viaggio tra le ombre del Giappone, tra storie accomunate da elementi soprannaturali: esperienze personali, leggende metropolitane, creepypasta, testimonianze di eventi inquietanti cui i protagonisti non trovano una spiegazione razionale, yōkai, demoni, fantasmi e tanti luoghi infestati. Non mancano però anche episodi legati al true crime in cui talvolta le leggende si fondono con la cronaca vera più nera.